در واقع، با آغاز جنگهای ایران و روسیه در سالهای ۱۸۰۴-۱۸۲۴ و جنگ ایران و انگلیس در ۱۸۵۷، مجموعه ارگ علیشاه به ارگی نظامی تبدیل شد و به فرمان عباس میرزا، ولیعهد قاجار، دو نهاد نظامی مهم از جمله سربازخانه «ستاد فرماندهی جنگ ارتش ایران» و کارخانه ریختهگری و توپریزی در محوطه ارگ تبریز ساخته شد. بهعلاوه، در دوره قاجار عمارت کلاه فرنگی نیز در همین محوطه احداث شد.
در زمان مشروطیت و قیام مردم تبریز، این بنای تاریخی باز همسنگری برای مبارزان مشروطهخواه بود و باعث تقویت موضع نیروهای ستارخان و باقرخان در برابر شلیک توپخانه محمدعلی شاه قاجار شد. جای گلولههای توپ که یادگار مبارزه آزادیخواهان با استبداد است، هنوز روی دیوارهای ارگ قابلمشاهده است. در دوران پس از مشروطه نیز مردم تبریز به مقابله با تهاجم ارتش روس برخاستند و مانند گذشته ارگ تبریز پایگاهی مستحکم برای مدافعان بود. آنها توپی را در بالای ارگ برای دفاع از مواضع خود قرار داده بودند.
در سال ۱۲۹۰ هجری شمسی با سقوط تبریز و اشغال آن، نیروهای روس دیوار ارگ را به توپ بستند. البته در دوره مشروطه و پس از آن در محوطه ارگ، بناهای دیگری مانند مدرسهی نجات - یکی از نخستین مدارس مدرن ایرانی- و سالن تئاتر ساخته شد که نمونه آن فقط در سنپترزبورگ وجود داشت.